Diff for /loncom/homework/lonr.pm between versions 1.2 and 1.6

version 1.2, 2009/04/18 13:18:58 version 1.6, 2009/06/23 03:01:15
Line 34  use Apache::lonnet; Line 34  use Apache::lonnet;
 use Apache::response();  use Apache::response();
 use LONCAPA;  use LONCAPA;
   
   ### You need to install the libraries below for this to work!
   
   ###use Tie::IxHash::Easy; # autoties all subhashes to keep index order
   ###use Data::Dumper;  # used to output hash contents
   
   my $errormsg='';
   
   #
   # Rcroak: for use with R-error messages
   #
   sub Rcroak {
      $errormsg=$_[0];
   }
   
   #
   #
   # Rpeel takes a string containing serialized values from R, 
   # peels off the first syntactically complete unit (number, string or array),
   # and returns a list (first unit, remainder).
   #
   sub Rpeel {
           my $x = $_[0];  # the string containing the serialized R object(s)
           if ($x =~ /^((?:i|d):(.+?);)(.*)$/) {
                   return ($1, $+);  # x starts with a number
           }
           elsif ($x =~ /^s:(\d+):/) {
                   my $n = $1;  # x starts with a string of length n
                   if ($x =~ /^(s:\d+:\"(.{$n})\";)(.*)$/) {
                           return ($1, $+);  # x starts with a valid string
                   } else {
                           &Rcroak('invalid string detected');
                   }
           }
           elsif ($x =~ /^a:/) {
                   # x starts with an array -- need to find the closing brace
                   my $i = index $x, '{', 0;  # position of first opening brace
                   if ($i < 0) {
                           &Rcroak('array with no opening brace');
                   }
                   my $open = 1;  # counts open braces
                   my $j = index $x, '}', $i; # position of first closing brace
                   $i = index $x, '{', $i + 1; # position of next opening brace (if any)
                   my $pos = -1;  # position of final closing brace
                   do {
                           if (($i < $j) && ($i > 0)) {
                                   # encounter another opening brace before next closing brace
                                   $open++;
                                   $i = index $x, '{', $i + 1;  # find the next opening brace
                           } elsif ($j > 0) {
                                   # next brace encountered is a closing brace
                                   $open--;
                                   $pos = $j;
                                   $j = index $x, '}', $j + 1;
                           } else {
                                   &Rcroak('unmatched left brace');
                           }
                   } until ($open eq 0);
                   # array runs from start to $pos
                   my $a = substr $x, 0, $pos + 1;  # array
                   my $b = substr $x, $pos + 1;     # remainder
                   return ($a, $b);
           } else {
                   &Rcroak('unrecognized R value');
           }
   }
   # --- end Rpeel ---
   
   #
   # Rreturn accepts a string containing a serialized R object
   # and returns either the object's value (if it is scalar) or a reference
   # to a hash containing the contents of the object.  Any null keys in the hash
   # are replaced by 'resultNNN' where NNN is the index of the entry in the original
   # R array.
   #
   sub Rreturn {
       my $x = $_[0];  # the string containing the serialized R object(s)
       $x=~s/^\"//;
       $x=~s/\"$//;
       $x=~s/\\\"/\"/g;
       $errormsg='';
       if ($x =~ /^(?:i|d):(.+?);$/) {
           return $1;  # return the value of the number
       } elsif ($x =~ /^s:(\d+):\"(.*)\";$/) {
           # string -- verify the length
           if (length($2) eq $1) {
              return $2;  # return the string
           } else {
              return 'mismatch in string length';
           }
       } elsif ($x =~ /^a:(\d+):\{(.*)\}$/) {
           # array
           my $dim = $1;  # array size
           $x = $2;  # array contents
           tie(my %h,'Tie::IxHash::Easy'); # start a hash
           keys(%h) = $dim; # allocate space for the hash
           my $key;
           my $y;
           for (my $i = 0; $i < $dim; $i++) {
              ($y, $x) = &Rpeel($x);  # strip off the entry for the key
              if ($y eq '') {
                 &Rcroak('ran out of keys');
              }
              $key = &Rreturn($y);
              if ($key eq '') {
                 $key = "result$i";  # correct null key
              }
              ($y, $x) = &Rpeel($x);  # strip off the value
              if ($y eq '') {
                  &Rcroak('ran out of values');
              }
              if ($y =~ /^a:/) {
                  $h{$key} = \&Rreturn($y);  # array value: store as reference
              } else {
                  $h{$key} = &Rreturn($y);  # scalar value: store the entry in the hash
              }
           }
           if ($errormsg) { return $errormsg; }
           return \%h;  # return a reference to the hash
       } else {
           return 'Unrecognized output';
       }
   }
   # --- end Rreturn ---
   
   sub Rentry {
       my $hash = shift;  # pointer to tied hash
       my $i;
       if (ref($hash) ne 'HASH') {
          return 'Argument to cas_hashref_entry is not a hash!';
       }
       while ($i = shift) {
          if (exists($hash->{$i})) {
             $hash = $hash->{$i};
          } else {
             return undef;
          }
          if (ref($hash) eq 'REF') {
             $hash = $$hash;  # dereference one layer
          } elsif (ref($hash) ne 'HASH') {
             return $hash;  # drilled down to a scalar
          }
       }
   }
   
   sub Rarray {
       my $hash = shift;  # pointer to tied hash
       my $i;
       if (ref($hash) ne 'HASH') {
          return 'Argument to cas_hashref_array is not a hash!';
       }
       while ($i = shift) {
          if (exists($hash->{$i})) {
             $hash = $hash->{$i};
          } else {
             return undef;
          }
          if (ref($hash) eq 'REF') {
             $hash = $$hash;  # dereference one layer
          }
       }
       my @returnarray=();
       foreach my $key (keys(%{$hash})) {
           $returnarray[$key-1]=$$hash{$key};
       }
       return @returnarray;
   }
   
 sub connect {  sub connect {
    return IO::Socket::UNIX->new(Peer    => $Apache::lonnet::perlvar{'lonSockDir'}.'/rsock',     return IO::Socket::UNIX->new(Peer    => $Apache::lonnet::perlvar{'lonSockDir'}.'/rsock',
  Type    => SOCK_STREAM,   Type    => SOCK_STREAM,
Line 61  sub rreply { Line 228  sub rreply {
 sub blacklisted {  sub blacklisted {
     my ($cmd)=@_;      my ($cmd)=@_;
     foreach my $forbidden (      foreach my $forbidden (
         'read\.table','scan','plot','X11','windows','quartz',          'read','write','scan','save','socket','connections',
           'open','close',
           'plot','X11','windows','quartz',
         'postscript','pdf','png','jpeg',          'postscript','pdf','png','jpeg',
         'dev\.list','dev\.next','dev\.prev','dev\.set',          'dev\.list','dev\.next','dev\.prev','dev\.set',
         'dev\.off','dev\.copy','dev\.print','graphics\.off',          'dev\.off','dev\.copy','dev\.print','graphics',
         'library','package','source','sink','objects'          'library','package','source','sink','objects',
           'Sys\.','unlink','file\.','on\.exit','error',
           'q\(\)'
      ) {       ) {
  if ($cmd=~/$forbidden/s) { return 1; }   if ($cmd=~/$forbidden/s) { return 1; }
     }       } 
Line 112  sub runscript { Line 283  sub runscript {
     return $reply;      return $reply;
 }  }
   
   sub runserializedscript {
       my ($socket,$fullscript,$libraries)=@_;
       if (&blacklisted($fullscript)) { return 'Error: blacklisted'; }
       my $reply;
       $fullscript=~s/[\n\r\l]//gs;
       if ($libraries) {
          foreach my $library (split(/\s*\,\s*/,$libraries)) {
             unless ($library=~/\w/) { next; }
             if (&r_is_allowed_library($library)) {
                 $reply=&rreply($socket,'library('.$library.');'."\n");
                 if ($reply=~/^Error\:/) { return($reply,$reply); }
             } else {
                return 'Error: blacklisted';
             }
          }
       }
       my @actuallines=();
       foreach my $line (split(/\;/s,$fullscript)) {
           if ($line=~/\w/) { push (@actuallines,$line); }
       }
       for (my $i=0; $i<$#actuallines; $i++) {
           $reply=&rreply($socket,$actuallines[$i].";\n");
           if ($reply=~/^Error\:/) { return($reply,$reply); }
       }
   # The last line needs to be serialized
       $reply=&Rreturn(&rreply($socket,"phpSerialize($actuallines[-1]);\n"));
       return($reply,&Dumper($reply));
   }
   
 sub r_cas_formula_fix {  sub r_cas_formula_fix {
    my ($expression)=@_;     my ($expression)=@_;
    return &Apache::response::implicit_multiplication($expression);     return &Apache::response::implicit_multiplication($expression);
Line 140  sub r_run { Line 340  sub r_run {
 }  }
   
 sub r_eval {  sub r_eval {
     my ($script,$libraries) = @_;      my ($script,$libraries,$hashflag) = @_;
     my $socket=&connect();      my $socket=&connect();
     my $reply=&runscript($socket,$script,$libraries);      my $reply;
       my $dump='';
       if ($hashflag) {
          ($reply,$dump)=&runserializedscript($socket,$script,$libraries);
       } else {
          $reply=&runscript($socket,$script,$libraries);
       }
     &disconnect($socket);      &disconnect($socket);
     return $reply;      return ($reply,$dump);
 }  }
   
   

Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.6


FreeBSD-CVSweb <freebsd-cvsweb@FreeBSD.org>